管理衙门叫上林苑，设总提督一人，下设四大衙署、分设提督四人。清朝，满人为女真后裔，也是马上民族，皇帝“必须”参与行围打猎以示尚武之风（实际也不一定），因此进一步建设南海子，并改称南苑；与东苑、西苑、北苑形成四大皇家御苑。增设角门十三座，草桥就有个镇国寺角门。同时将南苑作为练兵之所，清帝还要到此校阅八旗军队。于是修建了四处行宫和若干庙宇，其中两座是由明代衙署改建。

顺治十五年，将东北部分的原内监提督官署改建为皇帝驻跸之所，这是清代在南苑建的第一座行宫，朱门绿瓦，金碧辉煌，比邻德寿寺、关帝庙等敕建寺观，今德寿寺尚存、为翻建。乾隆长子病重时曾到此疗养，并在此去世，五年后乾隆到此，睹物思人，还写诗感怀。

康熙年间将西北部分的提督衙门改建为行宫，时称西宫。因先后用旧朝衙门改为行宫，故分称旧衙门行宫与新衙门行宫，简称旧宫、新宫；此后又增建了南红门行宫和团河行宫。据《日下旧闻考》载：“新宫位于镇国寺门内五里许”，门前有元朝所铸一对铁狮子，内有御题“迩延野绿”匾额，李白的“清平调”诗和《乾隆大阅图》等。当年这里水源丰富，土壤肥沃，非常适宜种水稻，挨着新宫有个槐房，著名的南苑稻是昔日宫廷贡品，而这里正是主产区。

1900年庚子事变，八国联军闯入南苑焚毁建筑、射杀动物。《辛丑条约》签订后，本已“不富裕”的大清雪上加霜，1902设南苑督办垦务局，招佃屯垦，说白了就是卖地换钱以充空虚的国库，于是有人买地建庄；如今这一带好多叫什么庄的、基本都是那时的私人庄园。

民国时期，29军军部曾设在南苑，军兵长期驻此；七七事变后在这里爆发南苑抗战，佟麟阁、赵登禹二位爱国将领都是在此地牺牲的。1927年，新衙门行宫被奉军部队拆除，遗迹全无。后来形成聚落，称新宫村；解放后先后作为新宫大队、新宫村公所，后为丰台区南苑乡所属行政村，下辖新宫、范庄子、谢庄子、李庄子四个自然村（南苑乡今已改为南苑街道）。

旧宫的命运也差不多，不过现在的行政级别比新宫高，因为大兴区有旧宫镇。旧宫也在庚子事变中遭洗劫破坏，民国时被拆毁。后来形成旧宫村，先属大兴县南苑区大红门乡，1956年设旧宫乡公所，1958年设红星公社旧宫大队，1983年红星人民公社改为红星区，次年设旧宫乡，1990年改乡为镇，如今已成“京南重镇”。

八零年就开始进行规划，新世纪后大规模拆迁改造，开发了旧宫新苑、金地万科朗润园、富力盛悦居、葛洲坝、西城区安置房、五环国际等住宅项目并兴建配套设施。随着亦庄新城高端产业区的建设，旧宫与亦庄、瀛海、南海子公园形成“三镇一园”格局。

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